江阴保税物流中心采用“一园两区”的设计理念。一区在江阴海港路18号，二区在长江5号码头内。

一区封关面积0.45平方公里，规划仓库85000平方米，现已建设成有仓库53000平方米，堆场8300平方米，办公用房13000平方米，海关、国检在中心内均设立分支机构，现场办公。设计的年处理集装箱能力为17万TEU/年。

二区于2011年年初启动，封关面积0.55平方公里，2012年 4月份完成5万平方米堆场建设，10月份完成5万㎡平底仓库；2012年底完成全部10万平方米堆场建设。二期依托江阴发达的经济腹地，以江阴港现有条件和发达的集疏运网络为基础，实现区港联动，充分发挥保税物流中心政策优势，形成以金属制品、大宗散货、集装箱为主的长三角地区散货保税物流的重要支撑点和内陆地区货物进出口贸易的重要门户。